Renæssance og barok
Slottets vestfløj blev opført efter 1530 og var på daværende tidspunkt et af Nordeuropas vigtigste renæssancebygninger. I stueetagen er der udstillet malerier, vægtæpper, møbler og dyrebare bordapparater, der giver et indtryk af livet i renæssancen.
Af særlig interesse kan nævnes malerierne af Lucas Cranach d.æ. og hans værksted. De udgør en ligeværdig erstatning for den tidligere Gottorp Cranach-samling, der i det 18. århundrede blev sendt til København sammen med hele slottets interiør.
Udover Cranachs kendte portrætter af Luther og Melanchthon huser museet desuden andre berømte billeder, herunder "Kristus velsigner børnene", i hvilke reformationens nye billedideer går igen. I renæssancen voksede begejstringen for scener fra historier og antikke myter, og denne forkærlighed kommer til udtryk i afbildningen af Lucretias selvmord, der er skabt af Cranach den yngre på bestilling af en adelig kunde.
Gutenberg-biblen fra 1452/54 udgør et særligt kostbart element i samlingen og er udstillet i det såkaldt gejstlige skattekammer. Bogen blev trykt i Mainz i Johannes Gutenbergs værksted (fra 1400 – 1468). Gutenberg-biblen var den første bog i verden, der blev trykt med løse blybogstaver, såkaldte typer. Dette revolutionerede bogtrykkerkunsten. Kun få årtier senere blev denne nye teknik brugt til fremstilling af "Schleswiger Missale" (1486) (Messebog for Slesvig Stift), der derved blev den første bog trykt i hertugdømmerne Slesvig-Holsten, for Danmarks tilfælde den anden.
Af begge inkunabler er der kun få eksemplarer tilbage, trods deres for den tid høje oplag på 300 styk. At disse to utroligt sjældne vuggetryk i dag beriger museets samling kan vi takke Nordkirche og den ev.-luth. menighed i Toestrup for, idet disse udlåner værkerne til museet på ubestemt tid.
Det 17. århundrede: Gottorp udvikler sig til kulturelt centrum af europæisk rang
Under hertug Frederik 3. udviklede Gottorp sig i det 17. århundrede til et kulturelt centrum af europæisk rang. Dette vidner de avancerede stuklofter om, der præger de barokke rum i nordfløjens overetage.
Her fremvises i dag malerier, skulpturer, gobeliner og møbler. Malerier af hollandske og nordtyske kunstnerne vejer tungt i udstillingen, helt i tråd med datidens indsamlingsskik.
Jürgen Ovens (1623-1678), Frederik 3.'s hofmaler, har fået sin helt egen sal. Ovens kom fra Tønning i Ejdersted og fik sin uddannelse i Holland blandt Rembrandt-kredsen.
